游戏从一座摩天大楼中的神秘事件开始，这座位于美国某大城市的摩天大楼正遭到不明物体的占领，而之前派出的三角洲特种部队进入楼内之后就与外界失去联系。作为“F.E.A.R.”一员的玩家搭乘黑鹰直升机降落到大楼的楼顶，而飞机刚刚降落时就遭到了不明火力的压制。进入楼内后发现里面已经不满了超自然生物体。

《实况足球9》相比同系列前作新增“Nippon Challenge: Go for 2006”模式，这是专为日本玩家所备的夺冠模式。在这个模式中，玩家可以带领日本国家队从世界杯的亚洲区预选赛到8强赛出线，再到德国世界杯征战。网络对战成为《实况足球9》的标准功能，改良的网络引擎使得对战更加流畅，使