《洛克人X8》游戏故事描述了地球未来环境日益恶化而荒废。人类为了实现移居月球的计划而开始建造月球通道的“雅科布计画”，并且在轨道输送带完成后开始正式执行。同时间许多的“新世代思考型机器人”也为了建设基地而被送往了雅科布基地。

　　然而在一次轨道输送货柜地落的意外中，艾克斯竟然意外的发现一批新世代思考型机器人拥有著复制DNA晶片的能力，这批思考型机器人竟然能够轻易地复制了应该已经被完全消灭的“西格玛”的DNA，紧接著各地也纷纷传出了新世代思考型机器人发生暴动的事件，到底各地的骚乱只是单纯的暴动？或者是西格玛的黑影试图藉由复制DNA来感染新世代思考型机器人以悄悄复活？为了找出幕后的真相并且平定各地的动乱。艾克斯再次带领著杰洛和艾克赛尔展开了通往宇宙的冒险。