《忍者神龟》是在1980年代轰动全球的知名卡通，描写住在纽约市的下水道的四只基因突变乌龟：达文西、多纳太罗、拉斐尔与米开朗基罗，获得本是一名日本忍者却因沾染有害液体而突变成一只老鼠的师父的指导，传授它们高强的忍者功夫，在纽约市开始了打击犯罪的任务。

　　在游戏中玩家起始只能扮演一个神龟角色，而随后会和神龟小伙伴们团聚从而成为一个团体来进行战斗。这意味着玩家可以使用所有神龟，并领略他们各自的特色、武器以及作战技能，当然也包括两两配对后合力发出的强力战斗技能。