《三只眼变成》根据日本漫画家高田裕三的漫画改编，描写主角因被眼宿虫寄生，即将变成三眼族，在真行寺佩、藤井八云等人的帮助下，终于回复成人类的故事。 　　游戏中并无死亡的结局，因此只要任意点选，即可一路看到结局。虽然结局固定，但游戏过程有两个主要路线，不同的选择其过程会有所差异。