《幽灵行动：荒岛雷鸣》继承了该系列的一贯传统，玩家可以通过一些简短的命令来进行作战的部署指挥，改进的“eye”系统可以帮助你准确的了解目前队员的潜伏情况，玩家也可以使用模拟控制杆调出望远镜，用以刺探敌方军情。

　　游戏的单人模式包括两个作战任务，不过在此之前会有一个简短的训练任务，主要是帮助新手熟悉操作，迅速合理的制定相关的战术安排，如何编排队员，如何防守，如何反攻，如何进行团队作战，以便在实际作战中派上用场。在《幽灵行动：荒岛雷鸣》中敌人的AI系统是完全重新编写的，他们的反抗也会更加凶狠。

　　多人模式方面，本作准备了多达31个的多人模式地图，以及10个多人用的游戏模式，其中包括一个4人的合作游戏模式，玩家在游戏中还可以透过网路麦克风以声音即时传达指令作战给队友。